[ ソース: ea-utils ]
パッケージ: ea-utils (1.1.2+dfsg-9 など)
ea-utils に関するリンク
Debian の資源:
ea-utils ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [expressionanalysis.github.io]
類似のパッケージ:
command-line tools for processing biological sequencing data
Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.
Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs.
Main Tools are:
* fastq-mcfScans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering.
* fastq-multxDemultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.
* fastq-joinSimilar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools.
* varcallTakes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.
その他の ea-utils 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, ppc64, sparc64, x32]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32 以外]
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- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgsl25 (>= 2.6) [alpha]
- パッケージは利用できません
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- dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [alpha 以外]
- GNU Scientific Library (GSL) -- library package
-
- dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1) [sparc64]
- GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: r-base-core
- GNU R core of statistical computation and graphics system
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- dep: r-cran-formula
- GNU R package for extended model formulas
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- dep: r-cran-getopt
- GNU R package providing command-line parsing functionality
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- dep: r-cran-ggplot2
- implementation of the Grammar of Graphics
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- dep: r-cran-hmisc
- GNU R miscellaneous functions by Frank Harrell
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- dep: r-cran-lattice
- 'Trellis' グラフィック用 GNU R パッケージ
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- dep: r-cran-survival
- 生存率解析用 GNU R パッケージ
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
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- rec: med-config (>= 2.1)
- Debian Med general config package
ea-utils のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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alpha (非公式の移植版) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 243.0 kB | 870.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 230.6 kB | 747.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 208.9 kB | 1,003.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 208.8 kB | 996.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 205.7 kB | 740.0 kB | [ファイル一覧] |
hppa (非公式の移植版) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 237.5 kB | 769.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 242.5 kB | 760.0 kB | [ファイル一覧] |
ia64 (非公式の移植版) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 300.4 kB | 1,332.0 kB | [ファイル一覧] |
m68k (非公式の移植版) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 221.4 kB | 756.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 229.8 kB | 1,094.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 243.8 kB | 1,131.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 241.5 kB | 1,323.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 (非公式の移植版) | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 217.4 kB | 617.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 212.0 kB | 747.0 kB | [ファイル一覧] |
sh4 (非公式の移植版) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 262.8 kB | 703.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 210.2 kB | 769.0 kB | [ファイル一覧] |
x32 (非公式の移植版) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 229.9 kB | 736.0 kB | [ファイル一覧] |