Пакет: ea-utils (1.1.2+dfsg-9 и другие)

[ Источник: ea-utils  ]

command-line tools for processing biological sequencing data

Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.

Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs.

Main Tools are:

 * fastq-mcf

Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering.

 * fastq-multx

Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.

 * fastq-join

Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools.

 * varcall

Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.

Другие пакеты, относящиеся к ea-utils

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, ppc64, sparc64, x32]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgsl25 (>= 2.6) [alpha]

  Пакет недоступен

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [не alpha]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-cran-formula

  GNU R package for extended model formulas

• dep: r-cran-getopt

  GNU R package providing command-line parsing functionality

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-hmisc

  GNU R miscellaneous functions by Frank Harrell

• dep: r-cran-lattice

  GNU R package for 'Trellis' graphics

• dep: r-cran-survival

  GNU R package for survival analysis

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  библиотека сжатия

• rec: med-config (>= 2.1)

  Debian Med general config package

Загрузка ea-utils

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.1.2+dfsg-9+b1	243,0 Кб	870,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.1.2+dfsg-9+b2	230,6 Кб	747,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.1.2+dfsg-9+b2	208,9 Кб	1 003,0 Кб	[список файлов]
armel	1.1.2+dfsg-9+b2	208,8 Кб	996,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.1.2+dfsg-9+b2	205,7 Кб	740,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.1.2+dfsg-9+b1	237,5 Кб	769,0 Кб	[список файлов]
i386	1.1.2+dfsg-9+b2	242,5 Кб	760,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.1.2+dfsg-9+b1	300,4 Кб	1 332,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.1.2+dfsg-9+b1	221,4 Кб	756,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.1.2+dfsg-9+b2	229,8 Кб	1 094,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.1.2+dfsg-9+b1	243,8 Кб	1 131,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.1.2+dfsg-9+b2	241,5 Кб	1 323,0 Кб	[список файлов]
riscv64 (неофициальный перенос)	1.1.2+dfsg-9+b2	217,4 Кб	617,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.1.2+dfsg-9+b2	212,0 Кб	747,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.1.2+dfsg-9+b1	262,8 Кб	703,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.1.2+dfsg-9+b1	210,2 Кб	769,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.1.2+dfsg-9+b1	229,9 Кб	736,0 Кб	[список файлов]