Paquet : ea-utils (1.1.2+dfsg-9 et autres)
Liens pour ea-utils
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source ea-utils :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Tim Booth (Page QA)
- Andreas Tille (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [expressionanalysis.github.io]
Paquets similaires :
command-line tools for processing biological sequencing data
Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.
Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs.
Main Tools are:
* fastq-mcfScans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering.
* fastq-multxDemultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.
* fastq-joinSimilar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools.
* varcallTakes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.
Autres paquets associés à ea-utils
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- dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, ppc64, sparc64, x32]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
- bibliothèque de prise en charge de GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- bibliothèque de prise en charge de GCC
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- bibliothèque de prise en charge de GCC
-
- dep: libgsl25 (>= 2.6) [alpha]
- Paquet indisponible
-
- dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [non alpha]
- GNU Scientific Library (GSL) -- library package
-
- dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1) [sparc64]
- GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: libunwind8 [ia64]
- bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
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- dep: r-base-core
- noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques
-
- dep: r-cran-formula
- GNU R package for extended model formulas
-
- dep: r-cran-getopt
- GNU R package providing command-line parsing functionality
-
- dep: r-cran-ggplot2
- implementation of the Grammar of Graphics
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- dep: r-cran-hmisc
- fonctions diverses de GNU R créées par Franck Harell
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- dep: r-cran-lattice
- paquet GNU R pour les graphes « Trellis »
-
- dep: r-cran-survival
- paquet GNU R pour l'analyse de survie
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- Bibliothèque de compression - binaires
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- rec: med-config (>= 2.1)
- paquet de configuration générale de Debian Med
Télécharger ea-utils
Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
---|---|---|---|---|
alpha (portage non officiel) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 243,0 ko | 870,0 ko | [liste des fichiers] |
amd64 | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 230,6 ko | 747,0 ko | [liste des fichiers] |
arm64 | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 208,9 ko | 1 003,0 ko | [liste des fichiers] |
armel | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 208,8 ko | 996,0 ko | [liste des fichiers] |
armhf | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 205,7 ko | 740,0 ko | [liste des fichiers] |
hppa (portage non officiel) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 237,5 ko | 769,0 ko | [liste des fichiers] |
i386 | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 242,5 ko | 760,0 ko | [liste des fichiers] |
ia64 (portage non officiel) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 300,4 ko | 1 332,0 ko | [liste des fichiers] |
m68k (portage non officiel) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 221,4 ko | 756,0 ko | [liste des fichiers] |
mips64el | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 229,8 ko | 1 094,0 ko | [liste des fichiers] |
ppc64 (portage non officiel) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 243,8 ko | 1 131,0 ko | [liste des fichiers] |
ppc64el | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 241,5 ko | 1 323,0 ko | [liste des fichiers] |
riscv64 (portage non officiel) | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 217,4 ko | 617,0 ko | [liste des fichiers] |
s390x | 1.1.2+dfsg-9+b2 | 212,0 ko | 747,0 ko | [liste des fichiers] |
sh4 (portage non officiel) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 262,8 ko | 703,0 ko | [liste des fichiers] |
sparc64 (portage non officiel) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 210,2 ko | 769,0 ko | [liste des fichiers] |
x32 (portage non officiel) | 1.1.2+dfsg-9+b1 | 229,9 ko | 736,0 ko | [liste des fichiers] |