Package: last-align (1542-1 and others)

[ Source: last-align  ]

confronto di sequenze biologiche su scala genomica

LAST è un software per confrontare ed allineare sequenze, tipicamente DNA o sequenze proteiche. LAST è simile a BLAST, ma gestisce meglio quantità molto grandi di dati di sequenza. Ci sono due cose che LAST fa molto bene:

 * confrontare grandi genomi (ad esempio di mammiferi);
 * mappare molte etichette di sequenza su un genoma.

La principale innovazione tecnica è che LAST trova le corrispondenze iniziali in base alla loro molteplicità, invece di usare una dimensione fissa (BLAST ad esempio usa 10-meri). Ciò permette di mappare etichette su genomi senza fare la mascheratura delle ripetizioni e senza essere sopraffatti dalle corrispondenze ripetitive. Per trovare queste corrispondenze di dimensione variabile usa un array di suffissi (ispirato a Vmatch). Per ottenere un'alta sensibilità usa un array di suffissi non contigui, analogo a seed non consecutivi.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Other Packages Related to last-align

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  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

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  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

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  libreria di supporto a GCC

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• rec: python3 [x32]

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• rec: python3-pil

  Python Imaging Library (Python3)

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1542-1	720.2 kB	2,808.0 kB	[list of files]
amd64	1542-1	1,696.1 kB	14,830.0 kB	[list of files]
arm64	1542-1	653.5 kB	2,225.0 kB	[list of files]
armel	1542-1	640.7 kB	2,160.0 kB	[list of files]
armhf	1542-1	633.8 kB	1,660.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1542-1	720.7 kB	2,304.0 kB	[list of files]
i386	1542-1	2,188.0 kB	17,418.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1542-1	901.5 kB	4,395.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1542-1	685.7 kB	2,724.0 kB	[list of files]
mips64el	1542-1	685.2 kB	2,807.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1542-1	725.1 kB	2,866.0 kB	[list of files]
ppc64el	1542-1	747.8 kB	2,865.0 kB	[list of files]
riscv64	1542-1	719.0 kB	1,925.0 kB	[list of files]
s390x	1542-1	783.5 kB	2,677.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1542-1	782.2 kB	2,412.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1542-1	637.4 kB	6,720.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1179-1	781.3 kB	4,097.0 kB	[list of files]