Paquet : last-align (1542-1 et autres)

[ Paquet source : last-align  ]

comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

LAST est un logiciel permettant de comparer et aligner des séquences, typiquement des séquences d'ADN ou de protéines. LAST est similaire à BLAST, mais il s'en sort mieux avec les grandes quantités de données de séquences. Voici deux choses pour lesquelles LAST est bon :

 - la comparaison de grands génomes (ceux de mammifères par exemple) ;
 - la mise en correspondance de nombreuses étiquettes de séquences avec un
    génome.

La principale innovation technique vient du fait que LAST trouve les correspondances initiales en se basant sur leur multiplicité au lieu d'utiliser une taille fixe (par exemple, BLAST utilise des 10-mers). Cela permet de faire correspondre des étiquettes aux génomes sans masques répétitifs, sans être débordé par les correspondances répétitives. Pour trouver ces correspondances de tailles variables, il utilise un tableau de suffixes inspiré de Vmatch. Afin d'avoir une grande sensibilité, LAST utilise a tableau de suffixes non contigu, similaires aux seeds espacées.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rôle: Programme

Autres paquets associés à last-align

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: python3 [non x32]

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• rec: python3 [x32]

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• rec: python3-pil

  Python Imaging Library (Python3)

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1542-1	720,2 ko	2 808,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1542-1	1 696,1 ko	14 830,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1542-1	653,5 ko	2 225,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1542-1	640,7 ko	2 160,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1542-1	633,8 ko	1 660,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1542-1	720,7 ko	2 304,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1542-1	2 188,0 ko	17 418,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1542-1	901,5 ko	4 395,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1542-1	685,7 ko	2 724,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1542-1	685,2 ko	2 807,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1542-1	725,1 ko	2 866,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1542-1	747,8 ko	2 865,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1542-1	719,0 ko	1 925,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1542-1	783,5 ko	2 677,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1542-1	782,2 ko	2 412,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1542-1	637,4 ko	6 720,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1179-1	781,3 ko	4 097,0 ko	[liste des fichiers]