Package: last-align (1542-1 and others)

[ Source: last-align  ]

sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala

LAST er programmel til sammenligning og justering af sekvenser, typisk DNA- eller protein-sekvenser. LAST ligner BLAST, men det er bedre til at håndtere meget store mængder af sekvensdata. Her er to ting som LAST er god til:

 * Sammenligning af store (eksempelvis pattedyrs) genomer.
 * Kortlægge masser af sekvens-mærker oven på et genom.

Den primære, tekniske innovation er at LAST finder indledende samstemmende forekomster, baseret på deres mangfoldighed, i stedet for at benytte en fast størrelse (BLAST bruger eksempelvis 10-mers). Dette gør, at man kan kortlægge mærker til genomer, uden gentagelsesmaskering (eng. »repeat- masking«), uden at blive overvældet af gentagne forekomster. For at finde disse forekomster som har forskellige størrelser, så bruger den en suffiks- række (inspireret af Vmatch). For at opnå høj følsomhed, så bruger den en usammenhængende suffiks-række, der er en analog til frø som placeres med mellemrum.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Other Packages Related to last-align

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not x32]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: python3 [not x32]

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: parallel

  Byg og afvikl kommandolinjer fra standardind parallelt

• rec: python3 [x32]

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• rec: python3-pil

  Python Imaging Library - Python3

Download last-align

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1542-1	720.2 kB	2,808.0 kB	[list of files]
amd64	1542-1	1,696.1 kB	14,830.0 kB	[list of files]
arm64	1542-1	653.5 kB	2,225.0 kB	[list of files]
armel	1542-1	640.7 kB	2,160.0 kB	[list of files]
armhf	1542-1	633.8 kB	1,660.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1542-1	720.7 kB	2,304.0 kB	[list of files]
i386	1542-1	2,188.0 kB	17,418.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1542-1	901.5 kB	4,395.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1542-1	685.7 kB	2,724.0 kB	[list of files]
mips64el	1542-1	685.2 kB	2,807.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1542-1	725.1 kB	2,866.0 kB	[list of files]
ppc64el	1542-1	747.8 kB	2,865.0 kB	[list of files]
riscv64	1542-1	719.0 kB	1,925.0 kB	[list of files]
s390x	1542-1	783.5 kB	2,677.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1542-1	782.2 kB	2,412.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1542-1	637.4 kB	6,720.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1179-1	781.3 kB	4,097.0 kB	[list of files]