Package: grabix (0.1.7-4)

[ Source: grabix  ]

piccolo strumento per accesso casuale a file BGZF

Nella ricerca biomedica, è in aumento la pratica di studiare la base genetica della malattia. Ciò attualmente include di frequente il sequenziamento di sequenze umane. Tuttavia, l'output della macchina è ridondante e la vera sequenza è la migliore sequenza che spiega la ridondanza. Lo scambio di dati avviene solo con file compressi, troppo enormi e ridondanti per fare diversamente. Si dovrebbe evitare la decompressione quando possibile.

grabix sfrutta la fantastica libreria BGZF del pacchetto samtools per fornire accesso casuale ai file di testo che sono stati compressi con bgzip. grabix crea il proprio indice (.gbi) del file compresso con bgzip. Una volta indicizzato, si possono estrarre righe arbitrarie dal file con il comando grab. O scegliere righe casuali con il comando random.

Other Packages Related to grabix

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: tabix

  indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  libreria di compressione - runtime

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	14.8 kB	93.0 kB	[list of files]