Paquet : grabix (0.1.7-4)

[ Paquet source : grabix  ]

wee tool for random access into BGZF files

In biomedical research it is increasing practice to study the genetic basis of disease. This now frequently comprises the sequencing of human sequences. The output of the machine however is redundant, and the real sequence is the best sequence to explain the redundancy. The exchange of data happens only with compressed files - to huge and redundant to perform otherwise. One should avoid uncompression whenever possible.

grabix leverages the fantastic BGZF library of the samtools package to provide random access into text files that have been compressed with bgzip. grabix creates it's own index (.gbi) of the bgzipped file. Once indexed, one can extract arbitrary lines from the file with the grab command. Or choose random lines with the, well, random command.

Autres paquets associés à grabix

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: tabix

  indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger grabix

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
mips64el	14,8 ko	93,0 ko	[liste des fichiers]