Package: libjellyfish-perl (2.3.1-3 and others)

[ Source: jellyfish  ]

conta i k-meri in sequenze di DNA (collegamenti Perl di jellyfish)

JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.

JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".

Questo pacchetto contiene i collegamenti Perl di jellyfish.

Tags: Software Development: Perl Development, Libraries, Implemented in: implemented-in::c, implemented-in::perl, Role: Development Library

Other Packages Related to libjellyfish-perl

• dep: libc6 (>= 2.34) [not ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

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  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: perl [ia64]

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

  dep: perl (>= 5.38.2-2) [hppa]

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2+b2) [not hppa, ia64]

• dep: perlapi-5.32.1 [ia64]

  Package not available

• dep: perlapi-5.38.2 [not ia64]

  virtual package provided by perl-base

Download libjellyfish-perl

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.3.1-3+b4	54.8 kB	177.0 kB	[list of files]
arm64	2.3.1-3+b4	49.8 kB	229.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.3.1-2+b1	65.9 kB	219.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.3.0-12	67.0 kB	299.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3.1-3+b4	48.5 kB	234.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3.1-3+b4	54.0 kB	229.0 kB	[list of files]
riscv64	2.3.1-3+b4	54.9 kB	153.0 kB	[list of files]