Paket: libjellyfish-perl (2.3.1-3 und andere)

[ Quellcode: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

Markierungen: Software-Entwicklung: Perl-Entwicklung, Bibliotheken, Implementiert in: implemented-in::c, implemented-in::perl, Rolle: Entwicklungs-Bibliothek

Andere Pakete mit Bezug zu libjellyfish-perl

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht hppa, ia64]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: perl [ia64]

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

  dep: perl (>= 5.38.2-2) [hppa]

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2+b2) [nicht hppa, ia64]

• dep: perlapi-5.32.1 [ia64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: perlapi-5.38.2 [nicht ia64]

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch perl-base

libjellyfish-perl herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.3.1-3+b3	55,0 kB	177,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.3.1-3+b3	49,9 kB	229,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.3.1-2+b1	65,9 kB	219,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.3.0-12	67,0 kB	299,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.3.1-3+b4	48,5 kB	234,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.3.1-3+b4	54,0 kB	229,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.3.1-3+b4	54,9 kB	153,0 kB	[Liste der Dateien]