Package: macs (3.0.2-2 and others)

[ Source: macs  ]

analisi basata su modelli di ChIP-Seq su sequenziatori di letture corte

MACS modella in modo empirico la lunghezza dei frammenti ChIP sequenziati, che tende ad essere più corta delle stime di dimensione per sonicazione o costruzione di biblioteche genomiche, e la usa per migliorare la risoluzione spaziale dei siti di legame predetti. MACS usa anche una distribuzione di Poisson dinamica per catturare in modo efficace i bias locali nella sequenza del genoma, permettendo una predizione più sensibile e robusta. MACS si comporta bene al confronto degli algoritmi esistenti ChIP-Seq di ricerca di picchi, è disponibile pubblicamente come open source e può essere usato per ChIP-Seq con o senza campioni di controllo.

Other Packages Related to macs

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.15)

  dep: python3 (>= 3.13~)

• dep: python3-cykhash

  wrapper Cython per mappe/insiemi khash, implementazione efficiente di isin e unique

• dep: python3-hmmlearn

  apprendimento non supervisionato e inferenza di modelli di Markov nascosti

• dep: python3-numpy

  libreria Python per calcoli numerici (Python 3)

• dep: python3-numpy2-abi0

  virtual package provided by python3-numpy

  or python3-numpy-abi9

  Package not available

• dep: python3-scipy

  strumenti scientifici per Python 3

• dep: python3-sklearn

  moduli Python per l'apprendimento automatico e il data mining - Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armhf]

  libreria di compressione - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armhf]

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.0.2-2+b1	4,118.8 kB	14,900.0 kB	[list of files]
arm64	3.0.2-2+b1	3,740.6 kB	15,496.0 kB	[list of files]
armhf	3.0.2-2+b1	3,847.2 kB	12,002.0 kB	[list of files]
i386	3.0.2-2+b1	3,889.5 kB	16,084.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.0.2-2+b1	3,945.5 kB	18,952.0 kB	[list of files]
riscv64	3.0.2-2+b1	4,112.4 kB	11,776.0 kB	[list of files]
s390x	3.0.2-2+b1	4,114.3 kB	15,120.0 kB	[list of files]