Package: med-cloud (3.7)

[ Source: debian-med  ]

applicazioni di bioinformatica per Debian Med utilizzabili nel cloud computing

Questo pacchetto installa i pacchetti Debian relativi alla biologia molecolare, alla biologia strutturale e alla bioinformatica per un uso nelle scienze della vita, che non dipendono da toolkit grafici e che quindi possono stare su immagini di sistema per un uso su computer del cloud computing dove lo spazio può essere limitato.

Tags: Field: Molecular Biology, Role: Metapackage

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  assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte

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  scarica sequenze di proteine o DNA

• rec: aevol

  modello digitale di genetica per condurre esperimenti di evoluzione in silico

• rec: alien-hunter

  Interpolated Variable Order Motif per identificare DNA acquisito orizzontalmente

• rec: altree

  programma per effettuare analisi di associazioni e localizzazioni basate su filogenesi

• rec: amap-align

  allineamenti multipli di proteine con appaiamento di sequenze

• rec: ampliconnoise

  rimozione di rumore da ampliconi PCR sequenziati con 454

• rec: anfo

  strumento per allineare/mappare letture corte da MPG

• rec: aragorn

  rilevamento di tRNA e tmRNA in sequenze nucleotidiche

• rec: arden

  controllo di specificità per allineamento di letture che usa un riferimento artificiale

• rec: autodock

  analisi dei legami dei ligandi alla struttura di una proteina

• rec: autodock-vina

  docking di molecole piccole su proteine

• rec: autogrid

  pre-calcola il legame di legandi ai loro recettori

• rec: bamtools

  toolkit per manipolare file BAM (allineamento di genoma)

• rec: bedtools

  suite di utilità per confrontare tratti genomici

• rec: bioperl

  strumenti Perl per biologia molecolare computazionale

• rec: bioperl-run

  wrapper BioPerl: script

• rec: biosquid

  utilità per l'analisi di sequenze biologiche

• rec: bowtie

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria

• rec: bowtie2

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente

• rec: boxshade

  belle stampe di allineamenti multisequenza

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: cassiopee

  strumento per indici e ricerche in sequenze genomiche

• rec: cd-hit

  suite di programmi progettati per raggruppare velocemente sequenze

• rec: cdbfasta

  strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA

• rec: circos

  disegnatore per visualizzare i dati

• rec: clearcut

  ricostruzione estremamente efficiente di alberi filogenetici

• rec: clonalframe

  inferenza della microevoluzione batterica usando dati di sequenze multi-loci

• rec: clustalo

  programma generico di allineamento di sequenze multiple per proteine

• rec: clustalw

  allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi

• rec: concavity

  predizione dei siti di legame di proteine con ligandi da struttura e conservazione

• rec: conservation-code

  strumento per punteggio di conservazione per le sequenze di proteine

• rec: datamash

  strumento per statistiche con interfaccia a riga di comando

• rec: dialign

  allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti

• rec: dialign-tx

  allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti

• rec: discosnp

  scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze

• rec: disulfinder

  predittore della connettività e stato di legame del ponte disulfuro di cisteine

• rec: dnaclust

  strumento per raggruppare in cluster milioni di corte sequenze di DNA

• rec: dssp

  assegnazione della struttura secondaria di una proteina in base alla struttura 3D

• rec: embassy-domainatrix

  comandi EMBOSS extra per gestire file di classificazione di domini

• rec: embassy-domalign

  comandi EMBOSS extra per allineamento di domini di proteine

• rec: embassy-domsearch

  comandi EMBOSS extra per cercare domini proteici

• rec: emboss

  suite software open source europea per la biologia molecolare

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  strumento generico per il confronto di sequenze di coppie

• rec: fastdnaml

  strumento di costruzione di alberi filogenetici di sequenze di DNA

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  versione più veloce dei programmi di Linkage per pedigree

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  controllo di qualità per elevati flussi di dati di sequenze

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  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• rec: fitgcp

  fit di distribuzioni di copertura del genoma con modelli di mistura

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  metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo

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  utilità per Sequence Read Archive di NCBI

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  applicazione genomica per assemblare milioni di cortissime sequenze di DNA

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• rec: theseus

  sovrappone macromolecole usando la massima verosimiglianza

• rec: tigr-glimmer

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  ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza

  or tree-ppuzzle

  ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza

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  assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte

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  confronto tra biopolimeri, come DNA e sequenze proteiche

• rec: zalign

  allineamento locale parallelo di sequenze biologiche

• sug: bagpipe

  Package not available

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  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

• sug: embassy-phylip

  Package not available

• sug: giira

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