Package: bwa (0.7.17-6 and others)

[ Source: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner

BWA è un pacchetto software per mappare sequenze con bassa divergenza rispetto a vasti genomi di riferimento, come il genoma umano. Consiste di tre algoritmi: BWA-backtrack, BWA-SW e BWA-MEM. Il primo è progettato per sequenze Illumina fino a 100pb, mentre gli altri due per sequenze più lunghe da 70pb a 1Mpb. BWA-MEM e BWA-SH condividono funzionalità simili, come gestione per lunghe sequenze e allineamenti spezzati, ma BWA-MEM, che è il più recente, è generalmente quello raccomandato per interrogazioni di alta qualità perché più veloce e più accurato. BWA-MEM ha prestazioni migliori anche rispetto a BWA-backtrack per sequenze Illumina 70-100pb.

Tags: Biology: Proteins, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, interface::text-mode, role::program, Purpose: Analysing, Comparing

Other Packages Related to bwa

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• rec: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• sug: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

Download bwa

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0.7.17-6+b1	206.7 kB	452.0 kB	[list of files]
arm64	0.7.17-6+b1	193.2 kB	424.0 kB	[list of files]
armel	0.7.17-6+b1	192.4 kB	439.0 kB	[list of files]
armhf	0.7.17-6+b1	192.6 kB	327.0 kB	[list of files]
i386	0.7.17-6+b1	235.3 kB	531.0 kB	[list of files]
mips64el	0.7.17-6+b1	205.5 kB	511.0 kB	[list of files]
mipsel	0.7.17-6+b1	233.1 kB	549.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.7.17-6+b1	224.3 kB	580.0 kB	[list of files]
s390x	0.7.17-6+b1	193.8 kB	476.0 kB	[list of files]