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Paquet : discosnp (1.2.6-2)

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Paquets similaires :

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Autres paquets associés à discosnp

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Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha (portage non officiel) 143,9 ko382,0 ko [liste des fichiers]
amd64 141,7 ko334,0 ko [liste des fichiers]
arm64 134,1 ko314,0 ko [liste des fichiers]
armel 131,1 ko308,0 ko [liste des fichiers]
armhf 132,7 ko248,0 ko [liste des fichiers]
hppa (portage non officiel) 146,3 ko350,0 ko [liste des fichiers]
hurd-i386 142,7 ko328,0 ko [liste des fichiers]
i386 152,5 ko348,0 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-amd64 142,0 ko334,0 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-i386 152,4 ko348,0 ko [liste des fichiers]
m68k (portage non officiel) 121,2 ko299,0 ko [liste des fichiers]
mips 149,7 ko392,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 144,1 ko400,0 ko [liste des fichiers]
mipsel 151,1 ko392,0 ko [liste des fichiers]
powerpcspe (portage non officiel) 146,3 ko404,0 ko [liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel) 146,2 ko472,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 149,3 ko470,0 ko [liste des fichiers]
riscv64 (portage non officiel) 136,1 ko274,0 ko [liste des fichiers]
s390x 137,3 ko366,0 ko [liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel) 148,7 ko299,0 ko [liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel) 125,5 ko323,0 ko [liste des fichiers]
x32 (portage non officiel) 138,2 ko312,0 ko [liste des fichiers]