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Paquets similaires :

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Autres paquets associés à discosnp

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Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha (portage non officiel) 2.3.0-2 770,0 ko1 614,0 ko [liste des fichiers]
amd64 2.3.0-2 774,4 ko1 604,0 ko [liste des fichiers]
arm64 2.3.0-2 762,9 ko1 584,0 ko [liste des fichiers]
hppa (portage non officiel) 2.3.0-2+b1 777,5 ko1 569,0 ko [liste des fichiers]
i386 2.3.0-2 781,0 ko1 544,0 ko [liste des fichiers]
m68k (portage non officiel) 1.2.6-2 121,2 ko299,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 2.3.0-2 761,0 ko1 707,0 ko [liste des fichiers]
powerpcspe (portage non officiel) 1.2.6-2 146,3 ko404,0 ko [liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel) 2.3.0-2 781,4 ko1 932,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 2.3.0-2 779,6 ko1 796,0 ko [liste des fichiers]
riscv64 (portage non officiel) 2.3.0-2 766,1 ko1 532,0 ko [liste des fichiers]
s390x 2.3.0-2 758,4 ko1 616,0 ko [liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel) 1.2.6-2 148,7 ko299,0 ko [liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel) 2.3.0-2 754,8 ko1 619,0 ko [liste des fichiers]
x32 (portage non officiel) 2.3.0-2 760,7 ko1 455,0 ko [liste des fichiers]