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Paquet : discosnp (4.4.4-2 et autres)

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Paquets similaires :

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Autres paquets associés à discosnp

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Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha (portage non officiel) 4.4.4-2 1 124,1 ko2 563,0 ko [liste des fichiers]
amd64 4.4.4-2 1 130,6 ko2 556,0 ko [liste des fichiers]
arm64 4.4.4-2 1 116,3 ko2 536,0 ko [liste des fichiers]
hppa (portage non officiel) 4.4.4-2 1 130,1 ko2 458,0 ko [liste des fichiers]
i386 4.4.4-2 1 135,8 ko2 459,0 ko [liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel) 4.4.4-2 1 149,4 ko3 008,0 ko [liste des fichiers]
m68k (portage non officiel) 1.2.6-2 121,2 ko299,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 4.4.4-2 1 111,4 ko2 678,0 ko [liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel) 4.4.4-2 1 139,5 ko2 979,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 4.4.4-2 1 136,0 ko2 840,0 ko [liste des fichiers]
riscv64 (portage non officiel) 4.4.4-2 1 121,9 ko2 452,0 ko [liste des fichiers]
s390x 4.4.4-2 1 110,9 ko2 572,0 ko [liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel) 1.2.6-2 148,7 ko299,0 ko [liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel) 4.4.4-2 1 102,1 ko2 564,0 ko [liste des fichiers]
x32 (portage non officiel) 4.4.4-2 1 112,9 ko2 338,0 ko [liste des fichiers]