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Paquet : discosnp (1:2.6.2-3 et autres)

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Paquets similaires :

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

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Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha (portage non officiel) 1:2.6.2-3+b1 1 407,7 ko3 063,0 ko [liste des fichiers]
amd64 1:2.6.2-3+b1 1 421,7 ko2 904,0 ko [liste des fichiers]
arm64 1:2.6.2-3+b1 1 407,9 ko3 060,0 ko [liste des fichiers]
hppa (portage non officiel) 1:2.6.2-1 1 416,6 ko2 789,0 ko [liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel) 1:2.6.2-3+b1 1 435,4 ko3 315,0 ko [liste des fichiers]
m68k (portage non officiel) 1.2.6-2 121,2 ko299,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 1:2.6.2-3+b1 1 401,1 ko3 121,0 ko [liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel) 1:2.6.2-3+b1 1 425,6 ko3 263,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 1:2.6.2-3+b1 1 426,6 ko3 124,0 ko [liste des fichiers]
riscv64 1:2.6.2-3+b1 1 414,9 ko2 772,0 ko [liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel) 1.2.6-2 148,7 ko299,0 ko [liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel) 1:2.6.2-3+b1 1 394,9 ko7 048,0 ko [liste des fichiers]
x32 (portage non officiel) 1:2.6.2-3+b1 1 405,4 ko2 686,0 ko [liste des fichiers]