Paquet : discosnp (1:2.6.2-3 et autres)

[ Paquet source : discosnp  ]

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Autres paquets associés à discosnp

• dep: gatb-core

  Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

  dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [non amd64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhdf5-103-1t64

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger discosnp

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1:2.6.2-3+b1	1 421,7 ko	2 904,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1:2.6.2-3+b1	1 407,9 ko	3 060,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1:2.6.2-3+b1	1 401,1 ko	3 121,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1:2.6.2-3+b1	1 426,6 ko	3 124,0 ko	[liste des fichiers]