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Paquet : idba-extra (1.1.3-8 et autres)

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Paquets similaires :

iterative De Bruijn Graph short read assemblers (extra tools)

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

This package ships extra tools for using idba in specific situations.

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Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha (portage non officiel) 1.1.3-8 397,2 ko3 279,0 ko [liste des fichiers]
amd64 1.1.3-8 388,3 ko2 506,0 ko [liste des fichiers]
arm64 1.1.3-8 334,5 ko2 686,0 ko [liste des fichiers]
armel 1.1.3-8 309,9 ko2 599,0 ko [liste des fichiers]
armhf 1.1.3-8 318,3 ko1 959,0 ko [liste des fichiers]
hppa (portage non officiel) 1.1.3-8 405,3 ko2 376,0 ko [liste des fichiers]
i386 1.1.3-8 417,6 ko2 523,0 ko [liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel) 1.1.3-8 475,0 ko4 639,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 1.1.3-8 397,7 ko3 665,0 ko [liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel) 1.1.3-8 395,7 ko3 838,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 1.1.3-8 400,1 ko3 390,0 ko [liste des fichiers]
riscv64 1.1.3-8+b1 388,3 ko1 903,0 ko [liste des fichiers]
s390x 1.1.3-8 351,9 ko2 538,0 ko [liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel) 1.1.3-8 334,5 ko23 737,0 ko [liste des fichiers]
x32 (portage non officiel) 1.1.3-8 385,0 ko2 283,0 ko [liste des fichiers]