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Paquet : idba (1.1.3-3)

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Paquets similaires :

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

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Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha (portage non officiel) 385,1 ko2 951,0 ko [liste des fichiers]
amd64 371,8 ko2 571,0 ko [liste des fichiers]
arm64 333,1 ko2 191,0 ko [liste des fichiers]
armel 319,3 ko2 199,0 ko [liste des fichiers]
armhf 329,5 ko1 575,0 ko [liste des fichiers]
hppa (portage non officiel) 413,8 ko2 863,0 ko [liste des fichiers]
hurd-i386 419,7 ko2 823,0 ko [liste des fichiers]
i386 417,7 ko2 831,0 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-amd64 371,1 ko2 559,0 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-i386 419,9 ko2 819,0 ko [liste des fichiers]
mips 390,8 ko3 238,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 387,0 ko3 212,0 ko [liste des fichiers]
mipsel 402,8 ko3 242,0 ko [liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel) 380,2 ko3 227,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 381,4 ko3 035,0 ko [liste des fichiers]
riscv64 (portage non officiel) 370,8 ko1 863,0 ko [liste des fichiers]
s390x 332,9 ko2 703,0 ko [liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel) 309,3 ko2 355,0 ko [liste des fichiers]
x32 (portage non officiel) 361,4 ko2 319,0 ko [liste des fichiers]