Paquet : idba (1.1.3-8 et autres)

[ Paquet source : idba  ]

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

Autres paquets associés à idba

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [non riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

Télécharger idba

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.1.3-8	637,0 ko	4 571,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.1.3-8	627,6 ko	4 037,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.1.3-8	585,5 ko	3 797,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.1.3-8	565,6 ko	3 793,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.1.3-8	575,0 ko	3 089,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.1.3-8	657,6 ko	4 317,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.1.3-8	672,0 ko	4 261,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.1.3-8	718,5 ko	6 920,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.1.3-8	644,8 ko	4 896,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.1.3-8	642,1 ko	4 821,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.1.3-8	652,4 ko	4 757,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.1.3-8+b1	635,5 ko	3 458,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.1.3-8	599,5 ko	4 293,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.1.3-8	563,9 ko	5 733,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.1.3-8	623,6 ko	3 837,0 ko	[liste des fichiers]