Paquet : abyss (2.3.10-1 et autres)

[ Paquet source : abyss  ]

assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

ABySS est un assembleur de séquences de novo parallèles conçu pour les lectures courtes. Il peut servir à assembler des données de séquences de génome ou de transcriptome. La parallélisation est permise par MPI, OpenMP et pthread.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Mis en œuvre en: C, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: Programme

Autres paquets associés à abyss

• dep: bsdextrautils [non hppa, sparc64]

  utilitaires supplémentaires de 4.4BSD-Lite

• dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

  paquet de transition pour plus d’utilitaires de FreeBSD

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libopenmpi3 [sparc64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [ia64, x32]

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi40 (>= 5.0.7) [alpha, s390x]

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Bibliothèque partagée SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 12) [ia64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: make

  utilitaire pour mener la compilation

• dep: openmpi-bin [non hppa]

  high performance message passing library -- binaries

• dep: openmpi-common [non hppa]

  high performance message passing library -- common files

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

Télécharger abyss

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.3.10-1	3 128,0 ko	11 951,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.3.10-1+b1	3 246,5 ko	10 021,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.3.10-1+b1	3 000,6 ko	10 681,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.1.0-1	2 719,4 ko	9 671,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.3.5+dfsg-2	3 493,2 ko	17 029,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	2.3.10-1+b2	3 063,8 ko	9 673,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.3.3-2	3 040,2 ko	9 799,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.3.10-1+b1	3 135,6 ko	12 561,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.3.10-1+b1	3 152,9 ko	13 053,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.3.10-1+b1	3 163,1 ko	12 409,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.3.10-1+b1	3 185,2 ko	8 245,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.3.10-1	3 156,1 ko	10 176,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.3.3-2	3 276,4 ko	9 167,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.2.2-1	2 718,5 ko	9 131,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.3.5+dfsg-2	3 104,9 ko	8 946,0 ko	[liste des fichiers]