Paquet : assemblytics (1.0+ds-2)

[ Paquet source : assemblytics  ]

détection et analyse de variantes structurelles à partir d’un assemblage de génome

Assemblytics incorpore une approche unique de filtrage d’ancre pour augmenter la robustesse d’éléments répétitifs et identifie six classes de variantes basées sur leurs signatures d’alignements distincts. Assemblytics peut être appliqué pour comparer des génomes aberrants, comme les cancers humains, à des références, ou pour identifier des différences entre des espèces proches.

Autres paquets associés à assemblytics

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  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-plyr

  tools for splitting, applying and combining data

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  paquet de GNU R fournissant des palettes de couleurs adaptées

• rec: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	18,5 ko	88,0 ko	[liste des fichiers]