Paquet : mummer (3.23+dfsg-7)

[ Paquet source : mummer  ]

Alignement de séquence efficace de génomes complets

MUMmer a été conçu pour aligner rapidement des génomes entiers, bruts ou finis. Par exemple, MUMmer 3.0 peut trouver toutes les régions identiques sur plus de 20 paires de bases entre deux génomes de 5 mégabases en 13,7 secondes, sur un ordinateur tournant à 2.4 GHz en utilisant 78 Mo de mémoire. MUMmer peut aussi aligner des génomes incomplets ; il manipule les centaines ou les milliers de contigs d'un projet de séquençage « shotgun » avec aisance, et les alignera sur un autre génome ou une autre collection de contigs en utilisant le programme NUCmer, inclus dans le système. Si les génomes proviennent d'espèces trop différentes pour que des similarités soient détectées au niveau nucléotidique, le programme PROmer générera des alignements basés sur la traduction des six phases de lectures de chaque génome.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, works-with-format::TODO, Format pris en charge: Texte simple, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

Autres paquets associés à mummer

• dep: gawk

  GNU awk, langage de recherche de motif et de traitement

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

Télécharger mummer

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	648,7 ko	3 321,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	625,1 ko	3 153,0 ko	[liste des fichiers]
armel	617,5 ko	3 092,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	614,6 ko	2 868,0 ko	[liste des fichiers]
i386	654,1 ko	3 304,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	655,4 ko	3 535,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	652,7 ko	3 360,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	659,9 ko	4 086,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	628,2 ko	3 309,0 ko	[liste des fichiers]