Package: mosdepth (0.3.11+ds-3)

[ Source: mosdepth  ]

BAM/CRAM-dybdeberegning for biologisk sekventering

Mange små læsninger er fremstillet af høj-gennemløb »næste generation«-sekventeringsteknologier. Den endelige sekvens er afledt fra hvordan disse læsninger overlapper mod en konsensus. De yderligere læsninger dækker/bekræfter dele af en nukleotid sekvens, jo højere tilliden er. For mange læsninger vil være indikativ for f.eks. gentagelser i genomet.

Mosdepth kan fremstille:

 * per base dybde omkring 2x så hurtig som samtools dybde-omkring 25
   minutter cpu-tid for et 30X-genom
 * gennemsnit per vindue-dybde givet en vindues størrelse-som vil blive
   brugt for CNV-kald
 * gennemsnittet per region givet en BED-fil med regioner
 * en distribution af dele af baser dækket ved eller over en given
   tærskel for hvert kromosom og bredt i genomerne
 * kvantiseret resultat der sammenføjer nærliggende basere så længe de
   falder i de samme dækningskasser f.eks. (10-20)
 * tærskelresultat for at indikere antallet af baser i hver region, der
   er dækket af de angivne tærskler

Other Packages Related to mosdepth

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libhts-dev

  Udviklingsfiler for HTSlib

Download mosdepth

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	173.6 kB	632.0 kB	[list of files]
arm64	170.0 kB	663.0 kB	[list of files]
armhf	164.8 kB	470.0 kB	[list of files]
i386	193.4 kB	706.0 kB	[list of files]
ppc64el	198.4 kB	791.0 kB	[list of files]
riscv64	187.1 kB	555.0 kB	[list of files]