Пакет: flexbar (1:3.5.0-6)

[ Източник: flexbar  ]

Експериментален пакет

Предупреждение: Този пакет е от дистрибуцията experimental. Това означава, че е възможно да е нестабилен или да има грешки, а може дори и да предизвика загуба на данни. Прочетете информация за промените и останалата документация преди да го използвате.

flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms

Flexbar preprocesses high-throughput sequencing data efficiently. It demultiplexes barcoded runs and removes adapter sequences. Moreover, trimming and filtering features are provided. Flexbar increases mapping rates and improves genome and transcriptome assemblies. It supports next-generation sequencing data in fasta/q and csfasta/q format from Illumina, Roche 454, and the SOLiD platform.

Parameter names changed in Flexbar. Please review scripts. The recent months, default settings were optimised, several bugs were fixed and various improvements were made, e.g. revamped command-line interface, new trimming modes as well as lower time and memory requirements.

Други пакети, свързани с flexbar

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, loong64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не m68k]

• dep: libtbb12 (>= 2021.12.0) [не alpha, amd64, hppa]

  parallelism library for C++ - runtime files

  dep: libtbb12 (>= 2021.4.0) [amd64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.5.0) [hppa]

  dep: libtbb12 (>= 2021.8.0) [alpha]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  compression library - runtime

Изтегляне на flexbar

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	324,0 кБ	1 346,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	371,3 кБ	1 262,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	320,3 кБ	1 214,0 кБ	[списък на файловете]
armel	316,8 кБ	1 157,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	326,0 кБ	901,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	320,0 кБ	1 114,0 кБ	[списък на файловете]
i386	374,7 кБ	1 257,0 кБ	[списък на файловете]
loong64 (неофициална архитектура)	336,7 кБ	1 198,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	317,5 кБ	1 165,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	301,8 кБ	1 385,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	352,2 кБ	1 534,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	356,7 кБ	1 406,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	354,0 кБ	1 006,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	360,9 кБ	1 282,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	430,0 кБ	1 214,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	285,4 кБ	2 116,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	369,5 кБ	1 193,0 кБ	[списък на файловете]