Пакет: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 и други)

[ Източник: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Други пакети, свързани с lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

  Пакетът не е наличен

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Пакетът не е наличен

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [не hppa, ppc64, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [hppa, sparc64]

  easy-to-use client-side URL transfer library (OpenSSL flavour)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [не hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [hppa, sparc64]

  Пакетът не е наличен

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не hppa, ppc64, sparc64]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, sparc64]

  compression library - runtime

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Изтегляне на lumpy-sv

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.3.1+dfsg-7+b1	185,1 кБ	806,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205,3 кБ	689,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b1	168,9 кБ	677,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162,2 кБ	567,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b1	169,2 кБ	443,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	0.3.1+dfsg-1	192,6 кБ	673,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221,6 кБ	735,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	0.3.1+dfsg-7+b1	238,6 кБ	1 187,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	0.3.1+dfsg-7+b1	184,6 кБ	627,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.3.1+dfsg-7+b1	175,8 кБ	777,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.3.1+dfsg-1	182,5 кБ	803,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194,5 кБ	805,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b2	189,7 кБ	537,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	0.3.1+dfsg-7+b1	222,3 кБ	676,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.3.1+dfsg-1	151,6 кБ	584,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.3.1+dfsg-7+b1	211,4 кБ	671,0 кБ	[списък на файловете]