Пакет: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-5)

[ Източник: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Други пакети, свързани с lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [не armel, armhf]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python 3 language

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Изтегляне на lumpy-sv

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	181,5 кБ	631,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	159,7 кБ	563,0 кБ	[списък на файловете]
armel	153,3 кБ	545,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	161,4 кБ	433,0 кБ	[списък на файловете]
i386	198,4 кБ	673,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	167,4 кБ	720,0 кБ	[списък на файловете]
mipsel	175,8 кБ	708,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	183,2 кБ	803,0 кБ	[списък на файловете]