Пакунок: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde and others)

[ Source: ngmlr  ]

Експериментальний пакунок

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Інші пакунки пов'язані з ngmlr

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, loong64, riscv64, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11) [not riscv64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити ngmlr

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674.0 kB	1,303.0 kB	[список файлів]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673.6 kB	1,157.0 kB	[список файлів]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653.2 kB	1,173.0 kB	[список файлів]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648.4 kB	1,112.0 kB	[список файлів]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649.1 kB	1,008.0 kB	[список файлів]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680.5 kB	1,184.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721.5 kB	1,631.0 kB	[список файлів]
loong64 (unofficial port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	659.6 kB	1,158.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664.0 kB	1,180.0 kB	[список файлів]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657.1 kB	1,260.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677.1 kB	1,301.0 kB	[список файлів]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677.3 kB	1,237.0 kB	[список файлів]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669.4 kB	1,078.0 kB	[список файлів]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654.8 kB	1,173.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696.3 kB	1,173.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651.9 kB	1,753.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672.1 kB	1,136.0 kB	[список файлів]