Pacote: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde e outros)

[ Fonte: ngmlr  ]

Pacote experimental

Aviso: este pacote é da distribuição experimental. Isso significa que provavelmente é instável ou tem erros, e pode até causar perda de dados. Certifique-se de consultar o changelog e outras documentações antes de usá-lo.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Outros pacotes relacionados a ngmlr

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, riscv64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11) [não riscv64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de ngmlr

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674.0 kB	1,303.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673.6 kB	1,157.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653.2 kB	1,173.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648.4 kB	1,112.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649.1 kB	1,008.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680.5 kB	1,184.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721.5 kB	1,631.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	659.6 kB	1,158.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664.0 kB	1,180.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657.1 kB	1,260.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677.1 kB	1,301.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677.3 kB	1,237.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669.4 kB	1,078.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654.8 kB	1,173.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696.3 kB	1,173.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651.9 kB	1,753.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672.1 kB	1,136.0 kB	[lista de arquivos]