Пакунок: ska (1.0+dfsg-2)

[ Source: ska  ]

Split Kmer Analysis

SKA (Split Kmer Analysis) is a toolkit for prokaryotic (and any other small, haploid) DNA sequence analysis using split kmers. A split kmer is a pair of kmers in a DNA sequence that are separated by a single base. Split kmers allow rapid comparison and alignment of small genomes, and is particulalry suited for surveillance or outbreak investigation. SKA can produce split kmer files from fasta format assemblies or directly from fastq format read sequences, cluster them, align them with or without a reference sequence and provide various comparison and summary statistics. Currently all testing has been carried out on high-quality Illumina read data, so results for other platforms may vary.

Інші пакунки пов'язані з ska

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити ska

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	130.9 kB	377.0 kB	[список файлів]
arm64	112.3 kB	337.0 kB	[список файлів]
armel	111.1 kB	336.0 kB	[список файлів]
armhf	116.6 kB	272.0 kB	[список файлів]
i386	137.1 kB	412.0 kB	[список файлів]
mips64el	114.8 kB	449.0 kB	[список файлів]
mipsel	117.6 kB	443.0 kB	[список файлів]
ppc64el	129.4 kB	465.0 kB	[список файлів]
s390x	117.7 kB	385.0 kB	[список файлів]