Paquet : ska (1.0+dfsg-2)

[ Paquet source : ska  ]

Split Kmer Analysis

SKA (Split Kmer Analysis) is a toolkit for prokaryotic (and any other small, haploid) DNA sequence analysis using split kmers. A split kmer is a pair of kmers in a DNA sequence that are separated by a single base. Split kmers allow rapid comparison and alignment of small genomes, and is particulalry suited for surveillance or outbreak investigation. SKA can produce split kmer files from fasta format assemblies or directly from fastq format read sequences, cluster them, align them with or without a reference sequence and provide various comparison and summary statistics. Currently all testing has been carried out on high-quality Illumina read data, so results for other platforms may vary.

Autres paquets associés à ska

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger ska

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	130,9 ko	377,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	112,3 ko	337,0 ko	[liste des fichiers]
armel	111,1 ko	336,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	116,6 ko	272,0 ko	[liste des fichiers]
i386	137,1 ko	412,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	114,8 ko	449,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	117,6 ko	443,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	129,4 ko	465,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	117,7 ko	385,0 ko	[liste des fichiers]