Paket: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 och andra)

[ Källkod: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Andra paket besläktade med lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [ej hppa, ppc64, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [hppa, sparc64]

  easy-to-use client-side URL transfer library (OpenSSL flavour)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ej hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [hppa, sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ej hppa, ppc64, sparc64]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, sparc64]

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Hämta lumpy-sv

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	0.3.1+dfsg-7+b1	185,1 kbyte	806,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205,3 kbyte	689,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b1	168,9 kbyte	677,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162,2 kbyte	567,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b1	169,2 kbyte	443,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	0.3.1+dfsg-1	192,6 kbyte	673,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221,6 kbyte	735,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	0.3.1+dfsg-7+b1	238,6 kbyte	1.187,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	0.3.1+dfsg-7+b1	184,6 kbyte	627,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.3.1+dfsg-7+b1	175,8 kbyte	777,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.3.1+dfsg-1	182,5 kbyte	803,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194,5 kbyte	805,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b2	189,7 kbyte	537,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	0.3.1+dfsg-7+b1	222,3 kbyte	676,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.3.1+dfsg-1	151,6 kbyte	584,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	0.3.1+dfsg-7+b1	211,4 kbyte	671,0 kbyte	[filförteckning]