Paket: bitseq (0.7.5+dfsg-7)

[ Källkod: bitseq  ]

Bayesian Inference of Transcripts from Sequencing Data

BitSeq is an application for inferring expression levels of individual transcripts from sequencing (RNA-Seq) data and estimating differential expression (DE) between conditions. An advantage of this approach is the ability to account for both technical uncertainty and intrinsic biological variance in order to avoid false DE calls. The technical contribution to the uncertainty comes both from finite read-depth and the possibly ambiguous mapping of reads to multiple transcripts.

Andra paket besläktade med bitseq

• dep: libc6 (>= 2.38) [ej alpha, loong64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, s390x, x32]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, loong64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ej alpha]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-19) [alpha]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Hämta bitseq

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	350,2 kbyte	2.416,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	351,4 kbyte	2.047,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	304,6 kbyte	2.215,0 kbyte	[filförteckning]
armel	289,1 kbyte	2.074,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	291,9 kbyte	1.498,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	307,8 kbyte	1.669,0 kbyte	[filförteckning]
i386	371,7 kbyte	2.066,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	314,3 kbyte	2.215,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	314,9 kbyte	1.730,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	337,1 kbyte	2.491,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	349,8 kbyte	2.919,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	350,3 kbyte	2.599,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	336,4 kbyte	1.451,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	332,3 kbyte	2.039,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	367,8 kbyte	2.075,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	299,5 kbyte	13.449,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	354,7 kbyte	1.894,0 kbyte	[filförteckning]