Balík: bwa (0.7.17-8~0exp)

[ Zdroj: bwa  ]

Experimentálny balík

Upozornenie: Tento balík pochádza z distribúcie experimental. To znamená, že je pravdepodobne nestabilný alebo môže dokonca spôsobiť stratu údajov. Predtým, než ho začnete používať sa prosím pozrite do záznamu zmien a ďalšej možnej dokumentácie.

Burrows-Wheeler Aligner

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

Značky: Biológia: Proteins, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Príkazový riadok, interface::text-mode, role::program, Purpose: Analyzovanie, Porovnávanie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom bwa

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• rec: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Stiahnuť bwa

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	222.1 kB	577.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	207.2 kB	452.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	188.8 kB	448.0 kB	[zoznam súborov]
armel	190.6 kB	431.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	190.1 kB	319.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	225.9 kB	512.0 kB	[zoznam súborov]
i386	231.7 kB	523.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	291.1 kB	962.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	203.9 kB	471.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	201.2 kB	527.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	216.9 kB	576.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	226.8 kB	576.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	214.6 kB	377.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	190.3 kB	464.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	272.9 kB	448.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	182.5 kB	1,092.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	218.3 kB	471.0 kB	[zoznam súborov]