Пакет: tiddit (3.6.1+dfsg-1 и другие)

[ Источник: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Другие пакеты, относящиеся к tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Пакет недоступен

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ppc64]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  dep: python3 (<< 3.11) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (<< 3.12) [x32]

  dep: python3 (<< 3.13) [не hppa, ppc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [не hppa, ppc64]

• dep: python3-joblib [не hppa, ppc64]

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy [не hppa, ppc64]

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pysam [не hppa, ppc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Загрузка tiddit

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-1+b1	443,9 Кб	2 794,0 Кб	[список файлов]
amd64	3.6.1+dfsg-1+b1	515,0 Кб	2 358,0 Кб	[список файлов]
arm64	3.6.1+dfsg-1+b1	404,1 Кб	2 392,0 Кб	[список файлов]
armel	3.6.1+dfsg-1+b1	421,6 Кб	2 016,0 Кб	[список файлов]
armhf	3.6.1+dfsg-1+b1	435,4 Кб	1 408,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.12.2+dfsg-1+b1	228,8 Кб	906,0 Кб	[список файлов]
i386	3.6.1+dfsg-1+b1	474,3 Кб	2 242,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-1+b1	478,9 Кб	3 466,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-1+b1	399,7 Кб	1 940,0 Кб	[список файлов]
mips64el	3.6.1+dfsg-1+b1	372,2 Кб	2 683,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.12.2+dfsg-1+b1	225,3 Кб	1 232,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	3.6.1+dfsg-1+b1	438,6 Кб	2 776,0 Кб	[список файлов]
riscv64	3.6.1+dfsg-1+b1	460,2 Кб	1 684,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-1+b1	617,4 Кб	2 164,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-1	278,2 Кб	1 054,0 Кб	[список файлов]