パッケージ: tiddit (3.6.1+dfsg-1 など)

[ ソース: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

その他の tiddit 関連パッケージ

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  パッケージは利用できません

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ppc64]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

  dep: python3 (<< 3.11) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (<< 3.12) [x32]

  dep: python3 (<< 3.13) [hppa, ppc64, x32 以外]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [hppa, ppc64 以外]

• dep: python3-joblib [hppa, ppc64 以外]

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy [hppa, ppc64 以外]

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pysam [hppa, ppc64 以外]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

tiddit のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	3.6.1+dfsg-1+b1	443.9 kB	2,794.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	3.6.1+dfsg-1+b1	515.0 kB	2,358.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	3.6.1+dfsg-1+b1	404.1 kB	2,392.0 kB	[ファイル一覧]
armel	3.6.1+dfsg-1+b1	421.6 kB	2,016.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	3.6.1+dfsg-1+b1	435.4 kB	1,408.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2.12.2+dfsg-1+b1	228.8 kB	906.0 kB	[ファイル一覧]
i386	3.6.1+dfsg-1+b1	474.3 kB	2,242.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	3.6.1+dfsg-1+b1	478.9 kB	3,466.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	3.6.1+dfsg-1+b1	399.7 kB	1,940.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	3.6.1+dfsg-1+b1	372.2 kB	2,683.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.12.2+dfsg-1+b1	225.3 kB	1,232.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	3.6.1+dfsg-1+b1	438.6 kB	2,776.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	3.6.1+dfsg-1+b1	460.2 kB	1,684.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	3.6.1+dfsg-1+b1	617.4 kB	2,164.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	3.6.1+dfsg-1	278.2 kB	1,054.0 kB	[ファイル一覧]