Пакет: prime-phylo (1.0.11-7 и другие)

[ Источник: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Другие пакеты, относящиеся к prime-phylo

• dep: libblas3

  реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

  или libblas.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libboost-mpi1.67.0

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.67.0

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.23)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

  или liblapack.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libopenmpi3

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  библиотека для работы с XML (GNOME)

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  phylogenetic tree drawing program

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• sug: raxml

  синтез филогенетических деревьев по методу максимального правдоподобия

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

Загрузка prime-phylo

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
i386	1.0.11-7+b1	896,0 Кб	3 413,0 Кб	[список файлов]