Pakiet: seer (1.1.4-7 i inne)

[ Pakiet źródłowy: seer  ]

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.

Inne pakiety związane z seer

• dep: libarmadillo10 (>= 1:10.6.2+dfsg) [ia64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libarmadillo12 (>= 1:12.6.4+dfsg) [hppa]

  streamlined C++ linear algebra library

  dep: libarmadillo12 (>= 1:12.6.7+dfsg) [nie hppa, ia64]

• dep: libblas3

  Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona

  lub libblas.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  program options library for C++

  dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [nie ia64, x32]

  program options library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhdf5-103-1 [hppa, ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [nie hppa, ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: liblapack3 [sparc64]

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  lub liblapack.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie alpha, ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

• dep: libtext-csv-perl

  comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: fsm-lite

  frequency-based string mining (lite)

Pobieranie seer

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.1.4-7+b4	1 140,8 KiB	5 103,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.1.4-7+b3	1 169,0 KiB	4 924,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.1.4-7+b3	1 115,2 KiB	4 900,0 KiB	[lista plików]
armel	1.1.4-7+b3	1 105,4 KiB	4 743,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.1.4-7+b3	1 095,2 KiB	4 239,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.1.4-7+b2	1 120,4 KiB	4 695,0 KiB	[lista plików]
i386	1.1.4-7+b3	1 173,3 KiB	4 903,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.1.4-6	1 218,9 KiB	6 648,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.1.4-7+b3	1 132,9 KiB	4 807,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.1.4-7+b3	1 134,6 KiB	5 372,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.1.4-7+b3	1 138,3 KiB	5 412,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.1.4-7+b3	1 149,2 KiB	5 284,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.1.4-7+b4	1 149,9 KiB	4 440,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.1.4-7+b3	1 160,7 KiB	4 972,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.1.4-7+b3	1 198,9 KiB	4 900,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.1.4-7+b3	1 114,4 KiB	8 318,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.1.4-7+b3	1 164,5 KiB	4 771,0 KiB	[lista plików]