套件：seer（1.1.4-7 以及其他的）

[ 原始碼： seer  ]

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.

其他與 seer 有關的套件

• dep: libarmadillo10 (>= 1:10.6.2+dfsg) [ia64]

  套件暫時不可用

• dep: libarmadillo12 (>= 1:12.6.4+dfsg) [hppa]

  streamlined C++ linear algebra library

  dep: libarmadillo12 (>= 1:12.6.7+dfsg) [除 hppa, ia64]

• dep: libblas3

  Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

  或者 libblas.so.3

  本虛擬套件由這些套件填實： libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  program options library for C++

  dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [除 ia64, x32]

  program options library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64, sh4]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhdf5-103-1 [hppa, ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [除 hppa, ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: liblapack3 [sparc64]

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  或者 liblapack.so.3

  本虛擬套件由這些套件填實： libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [除 alpha, ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

• dep: libtext-csv-perl

  comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  壓縮函式庫 - 跑程式時用(runtime)

• sug: fsm-lite

  frequency-based string mining (lite)

下載 seer

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	1.1.4-7+b4	1，140。8 kB	5，103。0 kB	[檔案列表]
amd64	1.1.4-7+b3	1，169。0 kB	4，924。0 kB	[檔案列表]
arm64	1.1.4-7+b3	1，115。2 kB	4，900。0 kB	[檔案列表]
armel	1.1.4-7+b3	1，105。4 kB	4，743。0 kB	[檔案列表]
armhf	1.1.4-7+b3	1，095。2 kB	4，239。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	1.1.4-7+b2	1，120。4 kB	4，695。0 kB	[檔案列表]
i386	1.1.4-7+b3	1，173。3 kB	4，903。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	1.1.4-6	1，218。9 kB	6，648。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	1.1.4-7+b3	1，132。9 kB	4，807。0 kB	[檔案列表]
mips64el	1.1.4-7+b3	1，134。6 kB	5，372。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	1.1.4-7+b3	1，138。3 kB	5，412。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	1.1.4-7+b3	1，149。2 kB	5，284。0 kB	[檔案列表]
riscv64	1.1.4-7+b4	1，149。9 kB	4，440。0 kB	[檔案列表]
s390x	1.1.4-7+b3	1，160。7 kB	4，972。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	1.1.4-7+b3	1，198。9 kB	4，900。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	1.1.4-7+b3	1，114。4 kB	8，318。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	1.1.4-7+b3	1，164。5 kB	4，771。0 kB	[檔案列表]