Pakiet: hinge (0.5.0-7 i inne)

[ Pakiet źródłowy: hinge  ]

long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Inne pakiety związane z hinge

• dep: daligner

  Odkrywanie lokalnego dopasowania między odczytami długich sekwencji nukleotydowych

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, hppa, ppc64, sparc64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.7) [ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libfmt9 (>= 9.0.0+ds1) [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

  dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1) [alpha, m68k, riscv64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64el, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Pakiet niedostępny

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Pakiet niedostępny

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, m68k, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: python [hppa, ppc64, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python-colormap [hppa, ppc64, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python-configparser [hppa, ppc64, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python-matplotlib [hppa, ppc64, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python-networkx [hppa, ppc64, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python-numpy [hppa, ppc64, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python-pbcore [hppa, ppc64, sparc64]

  pakiet wirtualny udostępniany przez python3-pbcore

• dep: python-ujson [hppa, ppc64, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python3 [nie hppa, ppc64, sparc64]

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-colormap [nie hppa, ppc64, sparc64]

  ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 3)

• dep: python3-matplotlib [nie hppa, ppc64, sparc64]

  Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)

• dep: python3-networkx [nie hppa, ppc64, sparc64]

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy [nie hppa, ppc64, sparc64]

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pbcore [nie hppa, ppc64, sparc64]

  Python 3 library for processing PacBio data files

• dep: python3-ujson [nie hppa, ppc64, sparc64]

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie m68k]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [m68k]

Pobieranie hinge

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.5.0-7	478,9 KiB	3 840,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.5.0-7+b1	493,9 KiB	3 312,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.5.0-7+b1	444,1 KiB	3 316,0 KiB	[lista plików]
armel	0.5.0-7+b1	423,0 KiB	3 183,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.5.0-7+b1	426,0 KiB	2 543,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.5.0-2	366,1 KiB	2 439,0 KiB	[lista plików]
i386	0.5.0-7+b1	494,7 KiB	3 511,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.5.0-7+b1	460,8 KiB	3 263,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.5.0-7+b1	433,9 KiB	3 827,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.5.0-2	367,3 KiB	3 140,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.5.0-7+b1	475,4 KiB	4 212,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.5.0-7+b1	498,6 KiB	2 828,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.5.0-2	328,1 KiB	2 445,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.5.0-6	530,1 KiB	3 850,0 KiB	[lista plików]