Paket: hinge (0.5.0-7 und andere)

[ Quellcode: hinge  ]

long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Andere Pakete mit Bezug zu hinge

• dep: daligner

  local alignment discovery between long nucleotide sequencing reads

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, hppa, ppc64, sparc64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.7) [ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• dep: libfmt9 (>= 9.0.0+ds1) [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el]

  Schnelle, typsichere C++-Formatierungsbibliothek -- Bibliothek

  dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1) [alpha, m68k, riscv64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64el, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Paket nicht verfügbar

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, m68k, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: python [hppa, ppc64, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-colormap [hppa, ppc64, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-configparser [hppa, ppc64, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-matplotlib [hppa, ppc64, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-networkx [hppa, ppc64, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-numpy [hppa, ppc64, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-pbcore [hppa, ppc64, sparc64]

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch python3-pbcore

• dep: python-ujson [hppa, ppc64, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python3 [nicht hppa, ppc64, sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-colormap [nicht hppa, ppc64, sparc64]

  ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 3)

• dep: python3-matplotlib [nicht hppa, ppc64, sparc64]

  Python-3-System ähnlich Matlab zur Ausgabe von Zeichnungen

• dep: python3-networkx [nicht hppa, ppc64, sparc64]

  Werkzeug zum Erstellen, Manipulieren und Studieren komplexer Netzwerke (Python 3)

• dep: python3-numpy [nicht hppa, ppc64, sparc64]

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pbcore [nicht hppa, ppc64, sparc64]

  Python 3 library for processing PacBio data files

• dep: python3-ujson [nicht hppa, ppc64, sparc64]

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nicht m68k]

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [m68k]

hinge herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.5.0-7	478,9 kB	3.840,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.5.0-7+b1	493,9 kB	3.312,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.5.0-7+b1	444,1 kB	3.316,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.5.0-7+b1	423,0 kB	3.183,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.5.0-7+b1	426,0 kB	2.543,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.5.0-2	366,1 kB	2.439,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.5.0-7+b1	494,7 kB	3.511,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.5.0-7+b1	460,8 kB	3.263,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.5.0-7+b1	433,9 kB	3.827,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.5.0-2	367,3 kB	3.140,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.5.0-7+b1	475,4 kB	4.212,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.5.0-7+b1	498,6 kB	2.828,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.5.0-2	328,1 kB	2.445,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.5.0-6	530,1 kB	3.850,0 kB	[Liste der Dateien]