Pakiet: augustus (3.5.0+dfsg-4 i inne)

[ Pakiet źródłowy: augustus  ]

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, interface::commandline, Rola: Program, Nauka: science::calculation, scope::utility, Pakiet narzędziowy interfejsu: Ncurses (terminalowy), Przeznaczenie: use::analysing, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z augustus

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [nie ia64, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64]

  Biblioteka Boost.Iostreams

  dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  Biblioteka Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.33) [sparc64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2) [hppa, ia64, ppc64, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64]

  column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgsl25 (>= 2.6) [ia64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [nie ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ia64, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

  MariaDB database client library

• dep: libmysql++3t64 [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64]

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64]

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Biblioteka współdzielona SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ppc64, sparc64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• sug: cdbfasta

  Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files

• sug: diamond-aligner

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database

• sug: libfile-which-perl

  Perl module for searching paths for executable programs

• sug: libparallel-forkmanager-perl

  simple parallel processing fork manager for Perl

• sug: libyaml-perl

  YAML Ain't Markup Language

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

Pobieranie augustus

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	3.5.0+dfsg-4+b4	1 868,7 KiB	12 823,0 KiB	[lista plików]
amd64	3.5.0+dfsg-4+b4	2 043,8 KiB	11 117,0 KiB	[lista plików]
arm64	3.5.0+dfsg-4+b4	1 778,7 KiB	10 874,0 KiB	[lista plików]
armel	3.5.0+dfsg-4+b4	1 747,4 KiB	10 546,0 KiB	[lista plików]
armhf	3.5.0+dfsg-4+b4	1 678,7 KiB	7 530,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	3.4.0+dfsg2-3+b2	1 752,3 KiB	9 995,0 KiB	[lista plików]
i386	3.5.0+dfsg-4+b4	2 125,0 KiB	11 937,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	3.4.0+dfsg2-3	2 170,0 KiB	21 090,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	3.5.0+dfsg-4+b3	1 911,8 KiB	11 046,0 KiB	[lista plików]
mips64el	3.5.0+dfsg-4+b4	1 827,7 KiB	14 215,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	3.4.0+dfsg2-3+b2	1 854,9 KiB	13 627,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	3.5.0+dfsg-4+b4	1 957,3 KiB	13 435,0 KiB	[lista plików]
riscv64	3.5.0+dfsg-4+b5	2 019,5 KiB	9 059,0 KiB	[lista plików]
s390x	3.5.0+dfsg-4+b4	1 958,7 KiB	11 906,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	3.5.0+dfsg-4+b3	2 102,2 KiB	10 796,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	3.4.0+dfsg2-3+b2	1 564,5 KiB	22 588,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	3.5.0+dfsg-4+b3	2 054,7 KiB	10 679,0 KiB	[lista plików]