Paquet : augustus (3.5.0+dfsg-5 et autres)

[ Paquet source : augustus  ]

prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes

AUGUSTUS est un logiciel de prédiction de gènes dans les séquences génomiques eucaryotes basé sur un modèle de Markov caché généralisé (HMM), un modèle probabiliste de séquence et sa structure de gène. Après l'apprentissage de structures de gènes à partir d'une annotation de référence, AUGUSTUS utilise le HMM pour reconnaître les gènes dans une nouvelle séquence et l'annote avec les régions des gènes identifiés. Des indices externes, par exemple depuis des séquences d'ARN, des EST ou des alignements de protéines, etc., peuvent être utilisés pour guider et améliorer le processus de découverte de gène. Le résultat est l'ensemble des structures de gènes les plus probables qui respectent toutes les contraintes utilisateurs, si de telles structures de gènes existent. AUGUSTUS comprend déjà des HMM préconstruits pour de nombreuses espèces, ainsi que des scripts d'entraînement de modèles personnalisés grâce à des génomes annotés.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, scope::utility, Boîte à outils d'interface utilisateur: Interface utilisateur texte ncurses, But: use::analysing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à augustus

• dep: augustus-data

  fichiers de données pour AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

  Paquet indisponible

• dep: libbamtools2.5.3 (>= 2.5.3+dfsg) [non ia64]

  bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [m68k, x32]

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libboost-iostreams1.90.0 (>= 1.90.0) [non ia64, m68k, x32]

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.42) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2) [ia64]

  Paquet indisponible

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1) [non ia64]

  column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64el, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [alpha, ia64, ppc64, s390x, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, loong64, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgsl25 (>= 2.6) [ia64]

  Paquet indisponible

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [non ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [non ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

  bibliothèque du client de base de données MariaDB

• dep: libmysql++3t64 [non ia64]

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~) [ia64]

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Bibliothèque partagée SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 14) [non ia64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• sug: cdbfasta

  indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

• sug: diamond-aligner

  aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST

• sug: libdbd-mysql-perl

  interface Perl5 pour les bases de données MariaDB ou MySQL

• sug: libfile-which-perl

  Perl module for searching paths for executable programs

• sug: libparallel-forkmanager-perl

  simple parallel processing fork manager for Perl

• sug: libyaml-perl

  YAML Ain't Markup Language

• sug: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-5+b2	1 910,2 ko	13 077,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.5.0+dfsg-5+b2	2 148,4 ko	11 712,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.5.0+dfsg-5+b3	1 815,6 ko	11 132,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	3.5.0+dfsg-5+b2	1 727,2 ko	8 285,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-5+b2	1 847,2 ko	10 741,0 ko	[liste des fichiers]
i386	3.5.0+dfsg-5+b2	2 195,0 ko	12 436,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	3.4.0+dfsg2-3	2 170,0 ko	21 090,0 ko	[liste des fichiers]
loong64	3.5.0+dfsg-5+b1	1 983,7 ko	12 022,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-5+b1	1 971,1 ko	11 421,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-5+b2	1 987,1 ko	14 522,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.5.0+dfsg-5+b2	2 032,4 ko	14 012,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.5.0+dfsg-5+b2	2 065,4 ko	8 986,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	3.5.0+dfsg-5+b2	2 015,9 ko	12 173,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-5+b2	1 718,4 ko	9 766,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-5+b2	1 679,3 ko	22 588,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-5+b1	2 141,7 ko	11 179,0 ko	[liste des fichiers]