Pakiet: sibelia (3.0.7+dfsg-4)

[ Pakiet źródłowy: sibelia  ]

Pakiet eksperymentalny

Ostrzeżenie: Pakiet pochodzi z dystrybucji eksperymentalnej. Oznacza to, że prawdopodobnie jest niestabilny lub zawiera błędy i może spowodować nawet utratę danych. Przed użyciem pakietu proszę koniecznie zapoznać się z dziennikiem zmian i inną dostępną dokumentacją.

comparative genomics tool

Sibelia (Synteny Block ExpLoration tool) is a comparative genomics tool: It assists biologists in analysing the genomic variations that correlate with pathogens, or the genomic changes that help microorganisms adapt in different environments. Sibelia will also be helpful for the evolutionary and genome rearrangement studies for multiple strains of microorganisms.

Sibelia is useful in finding:

 1) shared regions,
 2) regions that present in one group of genomes but not in others,
 3) rearrangements that transform one genome to other genomes.

Inne pakiety związane z sibelia

• dep: lagan

  highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, loong64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  fast suffix array construction

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie alpha, armel, armhf, hppa, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie m68k]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• sug: sibelia-examples

  comparative genomics tool (example data)

Pobieranie sibelia

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	306,7 KiB	1 295,0 KiB	[lista plików]
amd64	329,2 KiB	1 232,0 KiB	[lista plików]
arm64	292,5 KiB	1 228,0 KiB	[lista plików]
armel	293,8 KiB	1 171,0 KiB	[lista plików]
armhf	299,1 KiB	967,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	296,3 KiB	1 059,0 KiB	[lista plików]
i386	342,2 KiB	1 223,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	296,9 KiB	1 164,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	317,8 KiB	1 347,0 KiB	[lista plików]
mips64el	288,0 KiB	1 255,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	311,4 KiB	1 292,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	315,0 KiB	1 228,0 KiB	[lista plików]
riscv64	308,1 KiB	1 056,0 KiB	[lista plików]
s390x	316,6 KiB	1 148,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	358,6 KiB	1 164,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	280,3 KiB	2 128,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	331,3 KiB	1 175,0 KiB	[lista plików]