Paketti: sibelia (3.0.7+dfsg-4)

[ Source: sibelia  ]

Kokeellinen paketti

Varoitus: Tämä paketti on kokeellisesta jakelusta. Tämä tarkoittaa, että se on luultavasti epävakaa tai buginen, ja voi aiheuttaa jopa tiedonhäviötä. Kannattaa ehdottomasti tutustua muutoslokiin ja muihin mahdollisiin ohjeisiin ennen käyttöönottoa.

comparative genomics tool

Sibelia (Synteny Block ExpLoration tool) is a comparative genomics tool: It assists biologists in analysing the genomic variations that correlate with pathogens, or the genomic changes that help microorganisms adapt in different environments. Sibelia will also be helpful for the evolutionary and genome rearrangement studies for multiple strains of microorganisms.

Sibelia is useful in finding:

 1) shared regions,
 2) regions that present in one group of genomes but not in others,
 3) rearrangements that transform one genome to other genomes.

Muut pakettiin sibelia liittyvät paketit

• dep: lagan

  highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, loong64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  fast suffix array construction

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei alpha, armel, armhf, hppa, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ei m68k]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• sug: sibelia-examples

  comparative genomics tool (example data)

Imuroi sibelia

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	306.7 kt	1,295.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	329.2 kt	1,232.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	292.5 kt	1,228.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	293.8 kt	1,171.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	299.1 kt	967.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	296.3 kt	1,059.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	342.2 kt	1,223.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	296.9 kt	1,164.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	317.8 kt	1,347.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	288.0 kt	1,255.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	311.4 kt	1,292.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	315.0 kt	1,228.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	308.1 kt	1,056.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	316.6 kt	1,148.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	358.6 kt	1,164.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	280.3 kt	2,128.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	331.3 kt	1,175.0 kt	[tiedostoluettelo]