Pakiet: tophat (2.1.1+dfsg1-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: tophat  ]

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.

Inne pakiety związane z tophat

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

  lub bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: libboost-system1.67.0

  Operating system (e.g. diagnostics support) library

• dep: libboost-thread1.67.0

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.15) [amd64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

• dep: samtools (>= 1.5)

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Pobieranie tophat

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2.1.1+dfsg1-2+b1	654,2 KiB	3 832,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.1.1+dfsg1-2+b1	591,7 KiB	3 567,0 KiB	[lista plików]