パッケージ: unifrac-tools (1.4-3 など)

[ ソース: unifrac-tools  ]

high-performance phylogenetic diversity calculations (binaries)

The de facto repository for high-performance phylogenetic diversity calculations. The methods in this repository are based on an implementation of the Strided State UniFrac algorithm which is faster, and uses less memory than Fast UniFrac. Strided State UniFrac supports Unweighted UniFrac, Weighted UniFrac, Generalized UniFrac, Variance Adjusted UniFrac and meta UniFrac. This repository also includes Stacked Faith (manuscript in preparation), a method for calculating Faith's PD that is faster and uses less memory than the Fast UniFrac-based reference implementation.

This package contains target binaries ssu and faithpd

その他の unifrac-tools 関連パッケージ

• dep: libblas3

  基本線形代数のリファレンス実装 - 共有ライブラリ

  または libblas.so.3

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, amd64, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, mips64el, ppc64el, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: liblapacke (>= 3.12.0)

  Library of linear algebra routines 3 - C lib shared version

• dep: liblz4-1 (>= 0.0~r130)

  高速な LZ 圧縮アルゴリズムライブラリ - ランタイム

• dep: libssu0

  high-performance phylogenetic diversity calculations (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libsz2 (>= 1.1.3)

  Adaptive Entropy Coding library - SZIP

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

unifrac-tools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.4-3+b1	1,220.5 kB	8,839.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.4-3+b2	1,630.4 kB	7,938.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.4-3+b2	1,407.7 kB	8,574.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.4-3+b2	1,488.8 kB	9,361.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.4-3+b2	1,433.5 kB	6,258.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.4-3+b2	1,488.4 kB	9,868.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.4-3+b1	1,507.2 kB	15,977.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.4-3+b1	1,006.4 kB	7,382.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.4-3+b2	1,175.9 kB	8,790.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.4-3+b2	1,398.9 kB	10,110.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.4-3+b2	1,743.7 kB	7,082.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.4-3+b1	1,263.2 kB	6,516.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.4-3+b1	1,538.9 kB	7,514.0 kB	[ファイル一覧]