パッケージ: canu (2.2+dfsg-5 など)

[ ソース: canu  ]

一分子シークエンスゲノムアセンブラ

Canu は Celera Assembler のフォークで、（PacBio RS II や Oxford Nanopore MinION などの) 高ノイズ一分子シークエンシング向けに設計されています。

Canu は4つのステップで走る階層的アセンブリパイプラインです:

 * MHAP を用いた高ノイズシークエンスにおける重なり検知
 * 訂正一致シークエンスの生成
 * 訂正シークエンスのトリム
 * トリム済み訂正シークエンスのアセンブル

その他の canu 関連パッケージ

• dep: gnuplot [alpha, m68k, sh4]

  Command-line driven interactive plotting program.
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: gnuplot-nox [alpha, m68k, sh4 以外]

  Command-line driven interactive plotting program. No-X package
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gnuplot-qt, gnuplot-x11

  または gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, m68k, sh4 以外]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [alpha, m68k, sparc64 以外]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10) [alpha, m68k, sh4, sparc64 以外]

  fast compression/decompression library

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.8) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus [alpha, m68k, sh4]

  パッケージは利用できません

canu のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.0+dfsg-2	1,228.8 kB	10,538.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.2+dfsg-5	1,379.8 kB	13,027.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.2+dfsg-5	1,272.2 kB	13,789.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.2+dfsg-5	1,553.6 kB	23,779.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.0+dfsg-2	1,280.7 kB	9,544.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.2+dfsg-5	1,566.0 kB	17,652.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.2+dfsg-5	1,419.2 kB	17,724.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.2+dfsg-5	1,410.8 kB	16,873.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.2+dfsg-5+b1	1,862.0 kB	15,534.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.2+dfsg-5	1,340.9 kB	13,853.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.0+dfsg-2	1,230.0 kB	8,637.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	2.2+dfsg-5	1,507.0 kB	50,253.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2.2+dfsg-5	1,386.5 kB	12,548.0 kB	[ファイル一覧]