Package: canu (1.8+dfsg-2 and others)

[ Source: canu  ]

assemblatore di sequenze di molecole singole per genomi

Canu è un fork di Celera Assembler, progettato per sequenziamento con alto rumore di molecole singole (come PacBio RS II o Oxford Nanopore MinION).

Canu è una catena pipe di assemblaggio gerarchico che viene eseguita in quattro passi:

 * rilevamento di sovrapposizioni in sequenze con alto rumore usando MHAP;
 * generazione del consenso delle sequenze corrette;
 * taglio delle sequenze corrette;
 * assemblaggio delle sequenze corrette dopo il taglio.

Other Packages Related to canu

• dep: gnuplot [amd64]

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.6) [powerpcspe, ppc64]

• dep: libfilesys-df-perl

  modulo per ottenere informazioni sullo spazio sul disco del file system

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, ppc64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [powerpcspe, sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: mhap (>= 2.1) [not amd64]

  hash con sensibilità locale per rilevare sovrapposizioni di letture lunghe

  dep: mhap (>= 2.1.3) [amd64]

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• rec: gnuplot

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• sug: nanopolish

  identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori

• sug: pbgenomicconsensus

  strumento di Pacific Biosciences per identificare varianti e consenso

Download canu

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.8+dfsg-2	1,971.5 kB	12,736.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.6+dfsg-1	1,701.9 kB	11,292.0 kB	[list of files]
powerpcspe (unofficial port)	1.6+dfsg-1	1,934.5 kB	13,927.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.6+dfsg-1	1,985.7 kB	15,043.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.6+dfsg-1	1,989.5 kB	10,115.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.6+dfsg-1	1,665.0 kB	11,879.0 kB	[list of files]