パッケージ: libfastahack-dev (1.0.0+dfsg-11 など)

[ ソース: libfastahack  ]

library for indexing and sequence extraction from FASTA files (devel)

fastahack is a small application for indexing and extracting sequences and subsequences from FASTA files. The included Fasta.cpp library provides a FASTA reader and indexer that can be embedded into applications which would benefit from directly reading subsequences from FASTA files. The library automatically handles index file generation and use.

Features:

 * FASTA index (.fai) generation for FASTA files
 * Sequence extraction
 * Subsequence extraction
 * Sequence statistics (currently only entropy is provided)

Sequence and subsequence extraction use fseek64 to provide fastest-possible extraction without RAM-intensive file loading operations. This makes fastahack a useful tool for bioinformaticists who need to quickly extract many subsequences from a reference FASTA sequence.

This is the development package containing the statically linked library and the header files.

タグ: ソフトウェア開発: ライブラリ, 役割: 開発ライブラリ

その他の libfastahack-dev 関連パッケージ

• dep: libfastahack0 (= 1.0.0+dfsg-11+b3)

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

libfastahack-dev のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1.0.0+dfsg-11+b3	27.3 kB	117.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.0.0+dfsg-11+b3	26.0 kB	116.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.0.0+dfsg-11+b3	24.7 kB	88.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.0.0+dfsg-11+b3	29.0 kB	101.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.0.0+dfsg-11+b3	27.5 kB	119.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.0.0+dfsg-11+b3	108.3 kB	1,259.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.0.0+dfsg-11+b3	26.9 kB	116.0 kB	[ファイル一覧]