Package: atropos (1.1.32+dfsg-2 and others)

[ Source: atropos  ]

strumento per taglio di letture NGS che è specifico, sensibile e veloce

Atropos è uno strumento per taglio di letture NGS specifico, sensibile e veloce. È un fork del venerando strumento per taglio di letture Cutadapt, con questi principali miglioramenti:

  1. supporto per multi-thread, inclusa una modalità "scrittura parallela"
     estremamente veloce;
  2. implementazione di un nuovo algoritmo di taglio basato su allineamento
     di inserimenti per letture corte che è sostanzialmente più sensibile e
     specifico dell'algoritmo originale di Cutadapt basato su allineamenti
     di adattatori; questo algoritmo può anche correggere le non
     corrispondenze tra le porzioni sovrapposte delle letture;
  3. opzioni per tagliare tipi specifici di dati (miRNA, bisulfite-seq);
  4. un nuovo comando ("detect") che rileverà sequenze di adattatori e
     altri potenziali contaminanti;
  5. un nuovo comando ("error") che stimerà il tasso di errore di
     sequenziamento, che aiuta a selezionare i valori appropriati di taglio
     per adattatori e qualità;
  6. un nuovo comando ("qc") che genera statistiche di lettura simili a
     FastQC; anche il comando trim può calcolare statistiche sia prima, sia
     dopo il taglio (usando l'opzione "--stats");
  7. rapporti riassuntivi migliorati, incluso il supporto per formati di
     serializzazione (JSON, YAML, pickle), il supporto per modelli definiti
     dall'utente (tramite la dipendenza opzionale da Jinja2) e
     l'integrazione con MultiQC;
  8. l'abilità di fondere letture sovrapposte (questo è sperimentale e la
     funzionalità è limitata);
  9. l'abilità di scrivere rapporti riassuntivi e messaggi di registro su
     file separati;
 10. l'abilità di leggere file SAM/BAM e leggere/scrivere file FASTQ
     interlacciati;
 11. taglio diretto di letture da accessioni SRA;
 12. una barra di avanzamento e altri minori miglioramenti di usabilità.

Other Packages Related to atropos

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not arm64, ppc64el, riscv64]

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.14)

  dep: python3 (>= 3.13~)

• dep: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• rec: python3-jinja2

  motore per modelli autonomo e piccolo ma veloce e facile da usare

Download atropos

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.1.32+dfsg-2+b2	219.9 kB	936.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.32+dfsg-2+b2	204.7 kB	995.0 kB	[list of files]
armel	1.1.32+dfsg-2+b2	202.2 kB	924.0 kB	[list of files]
armhf	1.1.32+dfsg-2+b2	205.1 kB	860.0 kB	[list of files]
i386	1.1.32+dfsg-2+b2	219.0 kB	945.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.32+dfsg-2+b2	219.4 kB	1,059.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.32+dfsg-2+b2	221.0 kB	847.0 kB	[list of files]