Package: python3-pairtools (0.3.0-3.2 and others) [debports]

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infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C

Semplice e veloce infrastruttura a riga di comando per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C.

Elabora allineamenti di sequenze a terminali appaiati ed effettua le seguenti operazioni:

 - rileva giunzioni di legatura (alias coppie Hi-C) in sequenze allineate,
   a terminali accoppiati, di molecole di DNA Hi-C;
 - ordina file .pairs per analisi successive;
 - rileva, applica tag e rimuove duplicati di PCR/ottici;
 - genera statistiche esaurienti su insiemi di dati Hi-C;
 - seleziona coppie Hi-C in base a criteri definiti in modo flessibile;
 - ripristina allineamenti .sam da coppie Hi-C.

Other Packages Related to python3-pairtools

• dep: cython3

  estensioni C per Python 3

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Libreria C GNU: librerie condivise
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• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.10~)

• dep: python3-click

  kit per la creazione di interfacce a riga di comando - Python 3.x

• dep: python3-nose

  Package not available

• dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0)

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Download python3-pairtools

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
ppc64 (unofficial port)	0.3.0-3.2+b2	146.6 kB	752.0 kB	[list of files]