Package: jellyfish (2.3.0-12) [debports]

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conta i k-meri in sequenze di DNA

JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.

JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".

Other Packages Related to jellyfish

• dep: libc6.1 (>= 2.31)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-12)

  conta i k-meri in sequenze di DNA (libreria dinamica di jellyfish)

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libunwind8

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

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